San Miguel nannte Juan Rodríguez Cabrillo den Flecken Erde, den er im Jahre 1542 als erster Europäer der Welt betreten hatte. Mit diesem Ereignis setzte nicht nur die Geschichte der “spanischsten” Stadt der USA ein, sondern auch die Kaliforniens. Aber trotz der Gründung einer ersten Mission im Jahre 1543, war es erst der spanische Seefahrer und Kartograf Sebastian Vizcaino, der dem von ihm besuchten Ort 1602 seinen heutigen Namen gegeben hat.
