Es war etwa um das Jahr 400 v. Chr., als innerhalb des heutigen Linzer Stadtgebietes sowie in der näheren Umgebung einige keltische Siedlungen und Befestigungsanlagen entstanden. Wahrscheinlich hatte bereits die Siedlung auf dem Freinberg den Namen Lentos getragen. Dieser bedeutete etwa biegsam und geht auf die Krümmung der Donau an der Stelle zurück, an der sich das heutige Linz ausbreitet. Das Kastell Lentia, das späterhin unter den Römern zwischen 166 und 180 errichtet worden war, steht in namentlicher Kontinuität zum keltischen Namen. Diese Bezeichnung Lentia ist aber schriftlich nicht vor dem Jahr 410 nachweisbar.
Lentia, das zwar in den Jahrzehnten nach dem 2. Jahrhundert mehrmals durch Germanen zerstört worden war, blieb über die Völkerwanderung hinaus aber bestehen und wurde 799 ein erstes Mal unter seinem heutigen Namen (Linze) erwähnt. Nachdem die Siedlung 806 zum Markt gemacht worden war, erfüllte sie in der Zeit der Herrschaft der Karolinger Markt- und Zollaufgaben für den Traungau. Sie entwickelte sich vollends zur Stadt unter den Babenbergern und sicherte mit der Linzer Maut den österreichischen Herzögen eine bedeutende Einnahmequelle, was die Stadt ebenso bekannt machte wie ihre gute Randlage zu Bayern. In den folgenden Jahrhunderten war Linz Sitz des Landeshauptmanns und sogar Sitz von Friedrich III. Zeitweilig (1489-1493) hatte sie den Rang des Mittelpunktes des Heiligen Römischen Reiches inne.
Von den ersten Jahren der Reformation bis zum Jahre 1600 war Linz protestantisch, doch dann kamen die jungen Orden der Jesuiten und Kapuziner und führten in der Stadt die Gegenreformation durch. Hier wirkte u.a. der Jesuit Georg Scherer, der als fanatischer Prediger gegen die Reformation auftrat und später inmitten einer Hasstirade auf der Kanzel tot umgefallen sein soll. Die Stadt erhielt nach den Wirren des Dreißigjährigen Krieges ein barockes Gesicht.
Um die Mitte des 19. Jahrhunderts begann auch für Linz die Zeit der Industrialisierung. Mit Ignaz Mayers Gründung der Linzer Schiffswerft im Jahre 1840 konnte der erste Metall verarbeitende Großbetrieb der Stadt eröffnet werden. Hinzu kam die Lokomotivherstellung und die Textilindustrie. Aber auch das Militär war ein wichtiger Auftraggeber in Linz geworden und unterhielt mehrere Standorte in und nahe der Stadt. In Folge zahlreicher Eingemeindungen wuchs Linz in den 1920er Jahren zu stattlicher Größe heran.
Nachdem Linz in der Zeit des Austrofaschismus vom Bürgerkrieg zwischen den heimkehrenden Kriegstruppen und den Sozialdemokraten stark in Mitleidenschaft gezogen worden war, wurde die Stadt nach dem „Anschluss“ Österreichs an das Deutsche Reich (1938) zu einem Industrie- und Verwaltungszentrum umfunktioniert. Ab 1938 wurde der Stahl- und Rüstungsbetrieb Reichswerke Hermann Göring errichtet sowie die Linzer Chemieindustrie. Weniger erfreulich waren die drei Außenlager des KZs Mauthausen auf dem Linzer Stadtgebiet. Adolf Hitler war – ebenso wie der Philosoph Ludwig Wittgenstein – in Linz zur Schule gegangen und plante späterhin, in der Stadt auch seinen Ruhestand zu verbringen. Daher hatte Linz für ihn eine besondere Bedeutung für die Zeit nach dem Krieg. Er wollte dort u.a. eine Prachtstraße sowie die wohl größte Kunst- und Gemäldegalerie der Erde errichten lassen. Linz sollte nichts weniger als ein „Deutsches Budapest“ werden, woraus aber bekanntlich nichts wurde, denn 1945 kapitulierte das Reich. Linz selber hatte in den Monaten zwischen 1944 und 1945 22 alliierte Luftangriffe zu ertragen, die fast 1.700 Todesopfer forderten. Die Nachkriegszeit begann für die Stadt mit der sowjetisch-amerikanischen Teilung an der Donau entlang.
Linz wurde im Jahr 1966 durch die Gründung der Hochschule für Sozial- und Wirtschaftswissenschaften (seit 1975 Johannes Kepler Universität Linz) zur Universitätsstadt. Seit dieser Zeit etwa versuchte die Stadt auch, vom schlechten Ruf einer unattraktiven Industriestadt wegzukommen, was auch gelang. Viele Anstrengungen wurden unternommen, die Luftqualität zu verbessern, was der Stadt heute den Superlativ einer der saubersten Großstädte Österreichs verschaffte. Es folgten die Gründungen vieler Kultureinrichtungen (Brucknerhaus, Ars Electronica etc.). Durch das Ars Electronica Center sowie mit Hilfe des Lentos Kunstmuseum für moderne Kunst erhielt die Stadt auch überregional eine große Bedeutung als Kulturstadt, so dass es nicht verwundert, dass sich Linz im Jahre 2009 „Kulturhauptstadt Europas“ nennen durfte.
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