Das Gebiet um Regensburg war bereits in der Steinzeit besiedelt. Ausgrabungen im Jahr 2006 haben die Anwesenheit von Kelten belegt und ungefähr auf das Jahr 400 v. Chr. datiert.
Um 79 n. Chr. errichteten die Römer ein Kastell (etwa im heutigen Regensburger Stadtteil Kumpfmühl) und nutzten es als Beobachtungsposten. Zum Kastell gehörte auch bald eine Zivilsiedlung. Beide wurden aber in den 160er Jahren während des Markomannenangriffs zerstört. Die Markomannen waren dabei germanische und sarmatische Stämme, die sich vor allem zur Zeit des Kaisers Marcus Aurelius zwischen 166 und 180 in den Markomannenkriegen gegen die Römer kämpften. Die Römer nun bauten bis etwa zum Jahr 170 das Legionslager Castra Regina, einen 10 Meter hohen Steinbau mit Toranlagen und mehreren Türmen. Die Einweihung dieser Castra im Jahre 179 n. Chr. gilt als Gründungsdatum Regensburgs.
Zwischen etwa 500 und 788 fungierte Regensburg als Hauptsitz der bajuwarischen Herzöge, der Agilolfinger. Im Jahr 739 wurde die Stadt von Bonifatius, dem Apostel der Deutschen, offiziell dem Papst unterstellt.
Bereits im 9. Jahrhundert hatte sich Regensburg zu einer der bedeutendsten Städte des Ostfränkischen Karolingerreiches entwickelt. Sie blühte wirtschaftlich in den Folgejahren vor allem wegen des Fernhandels auf. Aufgrund des hohen allgemeinen Wohlstandes stiegen die Bevölkerungszahlen immens an.
Nachdem im Jahre 1147 schon Konrad III. (1093-1152) in Regensburg von der berühmten Steinernen Brücke (gebaut zwischen 1135 und 1146) zum Zweiten Kreuzzug aufgebrochen war, begann von dort auch Kaiser Friedrich I. Barbarossa (1122-1190) im Jahre 1189 seinen Weg in den Dritten Kreuzzug.
König Philipp von Schwaben (1179-1208) erhob Regensburg im Jahre 1207 zur Reichsstadt. Diese Privilegien wurden 1245 von Kaiser Friedrich II. (1194-1250) bestätigt, und Regensburg wurde zur Freien Reichstadt, welche einen Stadtrat und einen Bürgermeister stellen durfte. Die Regensburger Bürgerschaft ging dadurch und wegen des lukrativen Fernhandels gestärkt hervor, stand aber für die nächsten Jahrhunderte nicht nur mit dem Regensburger Bischof in einem ständigen Machtkampf, sondern auch mit dem die Stadt umgebenden Herzogtum Bayern. Dieser Konflikt endete im Jahre 1485, als die probayrische Partei die wirtschaftlich schwer angeschlagene Stadt an das Herzogtum Bayern-München anschließen ließ. Zwar konnte die Reichsunmittelbarkeit (= Status, nur dem Kaiser zu unterstehen) 1492 wieder hergestellt werden, doch war Regensburg keine Freie Stadt mehr.
1500 musste Kaiser Maximilian I., „der letzte Ritter“ (1459-1519) in innere Unruhen eingreifen, die seit langem in Regensburg an der Tagesordnung waren, und gab der Stadt eine neue Verfassung (= Regimentsordnung). Diese sollte bis 1803 in Kraft bleiben. Nach dem Tode des Kaisers im Jahre 1519 kam es in Regensburg zu Pogromen gegen die dort ansässigen Juden - die damals größte jüdische Gemeinde in Deutschland -, in deren Folge diese vertrieben wurden. Das Judenviertel zerstörte man.
1541 fand in Regensburg ein bedeutendes historisches Ereignis statt. Hier traf sich Johannes Eck mit Martin Luthers Gefährten Philipp Melanchthon zum Regensburger Religionsgespräch. Bereits ein Jahr später war Regensburg evangelisch, was auch mit Streitigkeiten zwischen dem Stadtrat und der Kirche zusammenhing. Diese neue Freiheit von Kaiser und Bischof brachte aber kein Ende des alten Konfliktes zwischen der Stadt, dem Fürstbischof und dessen Hochstift Regensburg.
In der Zeit des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) wurde Regensburg 1633 von Truppen Schwedens angegriffen, die unter Bernhard von Weimar die Stadt erstürmen konnten. Ein Jahr später eroberten kaiserlichen und bayerischen Truppen sie wieder zurück. Ein bedeutendes Ereignis war hier bereits 1630 erfolgt, als auf dem Regensburger Reichstag Albrecht Wenzel von Wallenstein abgesetzt worden war. Dieses Ereignis hatte ein Vordringen der Schweden (bis Bayern) und den eigentlichen Fortgang des Großen Kriegs erst ermöglicht.
Nachdem in Regensburg schon zu Zeiten des Ostfränkischen Reiches oftmals Reichstage abgehalten worden waren, fanden solche seit 1594 nur noch im Reichssaal des Regensburger Rathauses statt. Ab 1663 löste man den Reichstag nicht mehr auf, so dass der nun Immerwährende Reichstag (1663-1806) Regensburgs herausragendste geschichtliche Funktion war. In dieser Institution berieten die Fürsten des Heiligen Römischen Reiches und auch Gesandte aus ganz Europa über die Schicksale des Reiches. Fürst Alexander Ferdinand von Thurn und Taxis übte seit 1748 das Amt eines Prinzipalkommissars (= Vertreter des Kaisers) aus. Deshalb residierte er seither mit seiner Familie in Regensburg. An ihn erinnert noch immer u.a. das Regensburger Schloss von Thurn und Taxis. Außerdem entstanden in der Zeit des Immerwährenden Reichstages diverse Gesandtschaften in Regensburg.
Am Ende des 18. Jahrhunderts kam es in Regensburg zu gravierenden innenpolitischen Auseinandersetzungen. Die Stadt stand kurz vor dem Bankrott, so dass eine Klage gegen den Geheimen Rat der Stadt wegen Misswirtschaft und Verfassungsbruchs vor dem Reichshofrat in Wien erfolgte. Dieser Klage wurde entsprochen, und eine punktuelle Revision der Verfassung der Stadt folgte nach. Der endgültige Ruin kam mit Napoléon Bonaparte (1769-1821), dessen Revolutionstruppen 1800 nach Regensburg gelangten und von der Stadt hohe Kontributionszahlungen forderten. Auf Druck Napoléons wurde hier in Regensburg 1803 der Reichsdeputationshauptschluss beschlossen, der de facto das Ende des Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nation bedeutete. Die Regelungen hatten eine Auflösung aller geistlichen Fürstentümer – abgesehen von Mainz – zur Folge. Mit ihnen wurden auch alle anderen Besitztümer der Kirche enteignet und gingen an weltliche Landesherren. Die freien Reichsstädte gingen mit einigen Ausnahmen an die benachbarten großen Fürstentümer. Die durch die Aufhebung erloschenen Kurwürden von Trier, Köln und Pfalz gingen an die Fürsten von Salzburg, Württemberg, Baden und Hessen-Kassel über. Eine weitere Folge war die Entstehung des eigenständigen Fürstentums Regensburg. 1806 hörte das Heilige Römische Reich Deutscher Nation auf zu existieren, als die Rheinbundstaaten ihren Austritt aus dem Reich erklärten. Regensburg ging auf Druck seitens Napoléons am 22. Mai 1810 an das Königreich Bayern. Damit endete die politische Bedeutung der Stadt, auch wenn die Übergabe an Bayern nicht vollends ungelegen kam, war die Stadt doch kaum mehr allein finanziell überlebensfähig. Regensburg fungierte bald als Hauptstadt des Regenkreises.
In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts gewann Regensburg wieder an Bedeutung, erhielt 1859 einen Anschluss an das deutsche Eisenbahnnetz (nach Nürnberg und München) und 1910 den Luitpoldhafen (= Westhafen).
Unter den Nationalsozialisten kam es 1933 auch in Regensburg (auf dem Neupfarrplatz) zu Bücherverbrennungen. Fünf Jahre später wurden im Rahmen der Reichspogromnacht vom 9. zum 10. November 1938 die Synagoge niedergebrannt und die Regensburger Juden terrorisiert. In der Zeit bis zum Ende des Zweiten Weltkrieges kamen insgesamt 200 bis 250 Regensburger Juden in der Shoah (= Holocaust) ums Leben.
Entging die Regensburger Altstadt wie durch ein Wunder fast schadlos den alliierten Bombardements, so kamen während dieser schweren Luftangriffe mehrer Tausend Regensburger ums Leben, bevor die Stadt schließlich 1945 kampflos übergeben werden konnte.
Die Einwohnerzahl lag damals bei etwa 100.000, stieg aber bis zum Jahr 2000 auf ungefähr 150.000 an, was an den Flüchtlingen lag, die nach dem Kriege aus dem Osten (bspw. Sudetenland) kamen, an den diversen Eingemeindungen (zwischen 1971 und 1983) und an vielen infrastrukturellen Maßnahmen sowie Industrieansiedlungen.
Seit den späten 1960er Jahren kann Regensburg eine recht dynamische wirtschaftliche Entwicklung verzeichnen. Diese wurde maßgeblich geprägt von einer vermehrten Ansiedlung diverser Großunternehmen. Stärkste Gewerbe sind seither die verarbeitenden Gewerbe wie bspw. der Automobilbau, die Elektrotechnik und die Mikroelektronik.
Im Jahre 1997 wurde Regensburg für seine Bemühungen um den europäischen Integrationsgedanken ausgezeichnet und erhielt den Europapreis. Seit 2006 steht die Regensburger Altstadt auf der Weltkulturliste der UNESCO.
Ein bedeutendes Ereignis konnte Regensburg ebenfalls im Jahre 2006 feiern, als Papst Benedikt XVI. während seiner sechstägigen Pastoralreise durch Bayern drei Tage in Regensburg verbrachte. An der Universität Regensburg, an der er einst als Professor für katholische Dogmatik unterrichtete, hielt er seine späterhin von Vertretern des Islam kritisierte Rede, in welcher er den byzantinischen Kaiser Manuel II. Palaiologos zur Rolle der Gewalt im Islam zitierte (= Papstzitat von Regensburg).
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