Säugetiere
Zu den estländischen Raubtieren gehören die in einsamen Wald- und Moorgebieten lebenden Bären, Wölfe und Luchse. Diese dürfen mit Einschränkungen immer noch bejagt werden.
Andere Waldbewohner sind Hirsche, Rehe, Füchse und Wildschweine. Elche insbesondere findet man in den Sumpfniederungen des Nordostens.
Zu den eher seltenen Säugern Estlands gehören die Schneehasen, und auch der Biber sowie das Rotwild stehen unter Naturschutz.
Eine Besonderheit ist das ca. 14-20 cm große Europäische Flughörnchen. Charakteristisch sind seine großen Augen, die es auf Grund seiner nachtaktiven Lebensweise benötigt, sowie die sich zwischen der Handwurzel und dem Fußgelenk spannende Flughaut. In Estland steht es auf der nationalen roten Liste und ist das Symboltier des estnischen Naturschutzfonds.
Das Flughörnchen ist nicht die einzige „Sehenswürdigkeit“ der estländischen Tierwelt. Sehr selten kann man auch auf Dachse und der Vielfraße treffen, wobei die letzteren aber hauptsächlich aus Russland nach Estland einwandern.
Im Nationalpark Vilsandi, auf der Insel Imaharu, kann man sogar Ostsee-Kegelrobben beobachten, die hier ihren Nachwuchs großziehen.
Reptilien
Zu den wenigen Reptilien des Landes gehören die Waldeidechsen, die wie der Name es schon verrät, meistens in den Wäldern zu finden sind. Amphibien sind in Form von Fröschen stark vertreten, was besonders für die seltenen Störche von wesentlicher Bedeutung ist, da Frösche ihre Hauptnahrung darstellen. Am häufigsten finden sich diese auf den kleinen Inseln wie Ruhnu und Manilaid, wobei hier auch einige unter Naturschutz stehende Exemplare heimisch sind. Dazu gehören der Kammmolch, die Wechsel- und die Kreuzkröte sowie der Teichfrosch.
Zwei Schlangenarten kommen in Estland vor, eine von ihnen ist die für den Menschen harmlose Ringelnatter. Man findet sie vorwiegend in offenen Landschaften und auf den Inseln in Wassernähe, die andere ist die giftige Kreuzotter.
Vögel
Für Ornithologen dürfte Estland, insbesondere die Inseln, eine sehr interessante Erfahrung werden.
In den Küstenregionen finden man zahlreiche Amseln, Rohrweihen, Bachstelzen, Grasmücken und Austernfischer.
Nebelkrähen leben ebenfalls hier, ebenso wie Rauchschwalben (der Nationalvogel Estlands), Zwergtaucher, Pirole, Weiß- und Schwarzstörche. Typische Moorseenbewohner sind Ohrentaucher, Pfeif- und Spießenten. Zahlreiche Vögel stehen unter Naturschutz.
Dazu gehören die Waldhühner, die Weißwangengans, der Höcker- sowie der Singschwan, Eiderenten und Brandgänse.
Eine Seltenheit sind die Rauhfußkäuze, die sich in die dichten Nadelwälder zurückgezogen haben und dort eher zu hören als zu sehen sind.
Zu den hier heimischen Greifvögeln gehören der See-, Schrei- und Steinadler, wobei der Seeadler besonders in dem Lakemaa Nationalpark an der nördlichen Küste häufig beobachtet werden kann. An den Küsten hört man das Kreischen von Möwen und Seeschwalben.
Insekten
Den meisten lästigen Mücken wird man in der Nähe der Seen begegnen, aber auch sonst gibt es zahlreiche Käferarten, Schmetterlinge und Fliegen. Zudem leben hier Bienen, Wespen, Hummeln, Hornissen und Libellen. Die Mücken werden - besonders in den wärmeren Monaten - oft zu einer regelrechten Plage.
Unterwasserwelt
Von den zahlreichen Seen in Estland sind der Peipussee und der Võrtsjärv-See die größten und die fischreichsten. Im Peipussee, welcher der größte aller estländischen Seen ist, leben die sehr seltene Zwergmaränen sowie der Peipussee-Stint, und beim Võrtsjärv-See ist man stolz auf die Züchtung vom Zander und Aal. In den Binnenseen Estlands im Süden des Landes können Angler sich des Weiteren auf Brachse, Plötze, Lachs und Forellen freuen. Im Meer schwimmen u.a. Dorsche, Schollen, Strömlinge und Killos.
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