Die Anfänge des heutigen Garmisch-Partenkirchen reichen bis in die Zeit der Römer zurück.
Bekannt ist beispielsweise eine alte Handelsstation der Römer, die an einem Handelsweg lag, der noch aus der vorrömischen Zeit stammte und eine Abzweigung der bekannten Via Appia war. Urkundlich erwähnt wurde Partenkirchen das erste Mal in einer Urkunde aus dem Jahr 802.
Der Bischof von Freisinger Konrad I. von Tölz und Hohenburg (-1258) hatte im Jahr 1249 Garmisch und Bischof Emicho Wildgraf von Wittelsbach (-1311) im Jahr 1294 Partenkirchen erworben. Im Jahr 1294 war die Grafschaft Werdenfels zum Hochstift Freising gelangt und war bis zur Säkularisation unter Napoleon 1802/1803 im geistlichen Besitz geblieben.
Im Hochmittelalter war Partenkirchen für die Fugger und Welser eine wichtige Handelsstation auf dem Weg nach Italien, was zu einem wirtschaftlicher Aufschwung geführt hatte. Garmisch dagegen bezog seine meisten Einnahmen durch das Flößen auf der Loisach.
Wie viele Regionen Deutschlands war auch diese Region infolge des Dreißigjährigen Krieges verarmt.
Im Jahre 1802 gelangte die Grafschaft Werdenfels zum Königreich Bayern. Die beiden Marktgemeinden Garmisch und Partenkirchen hatten 1818 mit dem bayerischen Gemeindeedikt ihre Selbstverwaltungsrechte wieder erlangt und blieben bis in das 20. Jahrhundert hinein zwei miteinander konkurrierende Marktgemeinden.
Die Eröffnung der Eisenbahnverbindung nach München im Jahr 1889 führte zu einem Aufkommen des Tourismus. Die Bayerische Zugspitzbahn wurde in den Jahren 1928 bis 1930 in drei Abschnitten erbaut. Deren Endausbau mit den letzten 7,9 km zwischen dem Eibsee und der Gipfelstation Schneefernerhaus wurde am 8. Juli 1930 feierlich eröffnet.
Ein wichtiges Datum war der 1. Januar 1935, als sich die Marktgemeinden Garmisch und Partenkirchen wegen der 1936 stattfindenden Olympischen Spiele auf erheblichen Druck der NSDAP zum Markt Garmisch-Partenkirchen zusammengeschlossen hatten, was bis heute Bestand hat. An den Winterspielen 1936 hatten in dem neu entstandenen Garmisch-Partenkirchen Sportler aus 28 Staaten teilgenommen.
Am 25. September 1935 wurde Garmisch-Partenkirchen Garnisonsstandort, so wurde der Grundsein für die Jägerkaserne und später die Artilleriekaserne gelegt.
1954 war Garmisch-Partenkirchen Veranstaltungsort der traditionellen Arlberg-Kandahar-Rennen.
Nach dem Krieg hatte hier von 1960 bis 1994 das Kommando der 1. Gebirgsdivision der Bundeswehr ihren Sitz. Die Division wurde am 30. September 2001 aufgelöst. Ihr Nachfolger ist die Gebirgsjägerbrigade 23 in Bad Reichenhall. Die derzeit einzige Bundeswehreinheit in Garmisch-Partenkirchen ist das ca. 60 Mann starke Gebirgsmusikkorps.
Bei der ersten Alpinen Skiweltmeisterschaft in Bayern vom 28. Januar bis 5. Februar 1978 war Garmisch-Partenkirchen zum Veranstaltungsort erkoren worden. Auch die Alpine Skiweltmeisterschaft 2011 fand hier statt. Am 1. Mai 1978 war die Gemeinde Wamberg. eingegliedert worden. Bei einem Volksentscheid hatte sich eine Mehrheit gegen die hiesigen Olympischen Winterspiele 2018 ausgesprochen.
Infolge einer defekten Gasleitung im Sporthotel Rießersee war es am 27. Dezember 1986 zu einer Gasexplosion gekommen, an deren Folgen 11 Menschen ums Leben gekommen waren.
In der ersten Jahreshälfte von 2020 hatte sich Rama X. (geb.1952) – König von Thailand – der längere Zeit im Hotel Sonnenbichl verbracht hatte, den Unmut der Einwohner von Garmisch-Partenkirchen zugezogen. Das ging so weit, dass sie ihn die Bayern loswerden wollten und sogar den deutschen Außenminister Heiko Maas damit konfrontiert hatten.
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