In den Jahren 673 hatten Raubzüge der muslimischen Araber gegen das von türkischen Völkern unterstützte Buchara stattgefunden. Trotz ihrer Erfolge, waren die Araber anfangs nicht in der Lage,hier eine dauerhafte Herrschaft zu etablieren. Dies änderte sich jedoch später unter Qutaiba ibn Muslim (670-715) – einem Feldherrn der arabischen Umayyaden-Kalifen - der zwischen 706 und 709 begonnen hatte, die Einwohner Bucharas zu islamisieren und 710 als Herrscher über Bucharas eingesetzt wurde.
Danach waren 865 die persischen Samaniden an die Macht gekommen, die Buchara zur Hauptstadt eines mächtigen Reiches gemacht hatten. Die Stadt hatte sich während dieser Zeit zu einem blühendes Zentrum von Handel und Handwerk sowie zu einem geistigen Mittelpunkt des Islams in der Region entwickeltNachdem im Jahr 1220 Buchara von den Horden Dschingis Khans (1155-1227) erobert worden war, wurde sie größtenteils zerstört. Aber unter der Herrschaft seines Sohnes und Nachfolgers Ögedei Khan (1186-1241) konnte sich die Stadt wirtschaftlich erholen. Im Jahr 1238 kam es zwischen 1238 und 1241 zum Tarabi-Aufstand der armen Stadtbevölkerung gegen die Mongolen .Im Jahr 1263 eroberte der mongolische Khan Hülegü (1218-1265) und Enkel von Dschingis Khan die Stadt und ließ viele Einwohner töten. 1273 folgten Mongolen aus Persien unter Abaqa Khan (1234-1282), der auch zahlreiche Einwohner töten oder versklaven ließ. Während der Herrschaft der Mongolen durchlebte Buchara seinen Tiefpunkt.
Unter den Timuriden im 14. Jahrhundert - die von Timur (1336-1405) gegründet wurde und deren Herrschaft von 1370 bis 1507 dauerte - war Buchara nur noch eine relativ unbedeutende Provinzstadt und hatte zum Ende des 15. Jahrhunderts seine frühere führende Rolle in der Politik, dem Militär und Handel verloren, jedoch hatte sie ihre Bedeutung in der Wissenschaft und der islamischen Mystik behalten. Am Ende der Zeit der Herrschaft der Timuriden erlebte Buchara unter dem Usbeken-Khanat im 16. und 17. Jahrhundert jedoch eine neue Zeit der Blüte erlebte.
Dabei war die erste usbekische Dynastie die der Scheibaniden, die zwischen 1500–1599 regiert hatten. Unter dem Ubaidullah wurde Buchara 1533 deren Hauptstadt. 1540 wurde die Miri-Arab-Madrasa eröffnet. Unter dem Khan Abdullah II. (1533-1598) entstanden weitere zahlreiche Baudenkmäler, die das Stadtbild bis heute bestimmen. Als die konservative islamische Geistlichkeit 1647 die Absetzung des eher weltlich eingestellten Khans Nadir Mohammed betrieben, nährte das bei den indischen Moguln die Hoffnung, ihre alten Stammsitze zurückerobern zu können. Daraufhin hatte eine Armee des Schahs Dschahans 1647 Buchara erobert. Wegen des fast guerillaartigen Widerstands der Usbeken wurden die Inder jedoch so sehr in Mitleidenschaft gezogen, dass der spätere Schah Aurangzeb (1618-1707) seine Truppen aus Buchara abziehen ließ,
Die Macht der Herrscher von Buchara sank jedoch ab Mitte des 17. Jahrhunderts so stark, dass sich 1710 die Keneges und Kitai-Kiptschaken verbündet hatten und in Samarkand einen Gegenkhan ausgerufen hatten.
Unter der Herrschaft des persischen Herrschers Nader Schah (1688-1747) griffen sie 1740 Buchara an, worauf die hiesigen Dschaniden – die von 1599 bis 1747 das Khnat regierten - kapituliert hatten. Der Schah zog in Buchara ein, das er aber weder plündern noch zerstören ließ. Der bisherige Dschaniden- Herrscher Abu'l Faiz (1707-1747) wurde daraufhin ein Vasall von Persien. Unter der Herrschaft der Dynastie der Manghiten begann ab 1747 der
Nach der Eroberung großer Teile von Zentralasien durch Russland hatte das Emirat Buchara seine Unabhängigkeit verloren, wobei es jedoch formal nicht annektiert wurde. Aber der Handelsvertrag mit Russland von 1868 führte jedoch zur nahezu vollständigen Kontrolle Russlands über dessen Außenbeziehungen und die Wirtschaft. Dennoch hatte das Emirat innerhalb des Russischen Reiches bis 1920 formal fortbestanden.
Aber am 2. September 1920 besetzte die Rote Armee im Verlauf des russischen Bürgerkrieges zwischen den Bolschewiken und Menschewiken die Stadt, die dabei stark zerstört wurde. Am 14. September 1920 wurde die Sowjetische Volksrepublik Buchara ausgerufen und im November 1924 – unter Stalin- wurde Buchara in die neu gegründete Usbekische Sozialistische Sowjetrepublik und damit in die Sowjetunion eingegliedert. Die nach dem Krieg 1945 wiedereröffnete Miri-Arab Madrasa mit ihren rund 60 Studienplätzen war die einzige islamische Bildungsstätte in der gesamten der Sowjetunion.
Nach dem Zerfall der Sowjetunion gehörte Buchara ab dem 1. September 1991 zu dem jetzt unabhängigen Staat Usbekistan. Es sei erwähnt, dass Islom Abdugʻaniyevich Karimov (1938-1016) der erste frei gewählte Präsident des Landes wurde und von 1991 bis 2016 sehr autokratisch regiert hatte. Sein Nachfolger wurde am 14. Dezember 2016 Shavkat Miromonovich Mirziyoyev (geb. 1957), der begonnen hatte, das Land zu liberalisieren und auch zum Westen hin zu öffnen.
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