Von 400 v. Chr. bis etwa 400 herrschte in dem heutigen Gebiet Pakistan die buddhistische Gandharakultur. Von diesem Gebiet ausgehend verbreitete sich der Buddhismus bis nach China und Japan. Ab 712 kam es zur Islamisierung der Region, was die Grundlage für die spätere Entstehung Pakistans bildete. Von der Mitte des 16. bis zum 19. Jahrhundert herrschte die muslimische Moghul-Dynastie in dem Gebiet des heutigen Pakistans. Die Stadt Lahore war eines der Zentren der islamischen Kultur.
Im 19. Jahrhundert nahmen die Briten die Provinzen des heutigen Pakistan ein. Auf Grund der Gegensätze zwischen Hindus und Muslimes kam es 1947 zur Teilung des britischen Protektorats in Indien und Pakistan. Seit der Staatsgründung 1947 übernahm das Militär viermal die Macht in Pakistan. Im Jahr 1971 spaltete sich Ostpakistan ab und erklärte sich als Bangladesch unabhängig.
Verfassungsänderungen unter General Zia ul-Haq 1985 trieben die Islamisierung der Gesellschaft voran und belasteten die demokratischen Institutionen. 1988, nach dem Tod General Zias wurde die Vorsitzende der Partei PPP Benazir Bhutto für 20 Monate Premierministerin. 1990 wurde sie abgesetzt und Nawaz Sharif zum Premierminister ernannt. Benazir Bhutto bildete die Bundesregierung. 1997, nach erneuter Auflösung des Parlaments durch den Präsidenten, trug die PML-N mit dem Vorsitzenden Nawaz Sharif einen überwältigenden Sieg davon. Der von Premierminister Sharif nominierte religiös-konservative Mohammad Rafiq Tarar wurde 1997 zum 9. Präsidenten Pakistans gewählt.
Nach der Kaschmir-Krise im Jahr 1999 kam es zu Spannungen zwischen Premierminister Nawaz Sharif und seinem Armeechef Perez Musharraf. In einem unblutigen Militärputsch übernahm General Musharraf die Regierungsgewalt. 2001 trafen sich Präsident Musharraf und der indische Premierminister A.B. Vajpayee zu Gesprächen, eine gemeinsame Abschlusserklärung scheiterte jedoch an den unterschiedlichen Auffassungen über die Region Kaschmir. 2001 sicherte Präsident Musharraf den USA volle und rückhaltlose Unterstützung beim Kampf gegen den Terrorismus zu und setzte sich damit gegen die bis dahin von Pakistan unterstützten Taliban. In einer Grundsatzrede erteilte Präsident Musharraf Terror, Intoleranz und extremistischer Gewalt eine Absage. Damit einhergehend wurden fünf militante Organisationen verboten. Aus den Parlamentswahlen 2002 ging die neu formierte PML-Q als Sieger hervor. Sie bildet mit Unterstützung von Überläufern die Regierung von Ministerpräsident Jamali. Nach Auffassung von EU-Beobachtern wurden die Oppositionsparteien behindert.
2002 eskalierte das indisch-pakistanische Verhältnis erneut. Truppen marschierten auf beiden Seiten der Grenze auf. Eine Verfassungsänderung im Jahr 2003 gab dem Präsidenten weitreichende Vollmachten. Präsident Musharraf sagte zu, bis Ende 2004 das Amt des Armeechefs niederzulegen, wovon er 2004 wieder abrückte. Es folgten zwei Anschläge auf Präsident Musharraf, die er beide überlebte.
2004 einigten sich Präsident Musharraf und der indische Ministerpräsident Vajpayee in allen Streitfragen, auch bezüglich des Kaschmirkonflikts. Nach dem erzwungenen unblutigen Rücktritts Musharrafs am am 18. August 2008 wurde am 6. September 2008 Asif Ali Zardari von den beiden Kammern und einer Reihe von Provinzgouverneuren legal zum neuen Präsidenten gewählt. Er trat das Amt am 6. August 2008 an - seine Vereidigung fand am 9. September 2008 statt.
Seit dem 18. August 2018 ist der frühere Cricketspieler Imran Ahmad Khan Niazi (geb. 1952) Premierminister des Landes.
Am 9. September 2018 wurde Arif Alvi (geb. 1949) Präsident des Landes.
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