Wie leider in sehr vielen Ländern, wurde die ursprüngliche Vegetation – dichter tropischer Regenwald mit wertvollen Holzarten – auch auf den Komoren größtenteils abgeholzt, u.a. um Plantagen Platz zu machen - und dort wo keine Plantagen entstanden sind - breiten sich Savannen aus. Der Regenwald macht daher nur noch ca. 15% der Landesfläche aus und ist fast nur noch in den höheren Lagen des Inselstaates erhalten geblieben.
Nutzpflanzen sind u.a. vor allem Bananen, Kokospalmen, Kaffee- und Kakoabäume oder auch Mangobäume. An den Küsten gibt es Mangrovenwälder, in deren weitverzweigten Wurzeln viele kleinere Tiere und Fische Unterschlupf und Schutz finden.
Weitere erwähnenswerte Pflanzen sind Affenbrotbäume (Baobab-Bäume), Bougainvillea Hibiscus, Orchideen und tropische Gewürze wie Gewürznelken, Vanille und Zimt
Und besonders erwähnenswert ist die Ylang-Ylang-Pflanze mit ihren gelben Blüten, die typisch für die Komoren ist und als Grundlage für Öle und Parfüms verwendet werden.
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